Кента, майстер покемонів-початківець, зустрічається зі своєю подругою дитинства Мариною в покемон-центрі, щоб побачити, як розвинулися їхні навички. Їхню битву перериває гроза і поява Башоу та Бусона, двох членів команди Рокета, які використовують Кристалічну систему (яка притягує покемонів електричного типу). Їхня кінцева мета - під керівництвом доктора Ширануї повернути покемонів до Сакакі. Кента і Марина натрапляють на цей план і намагаються йому перешкодити, але все ускладнюється, коли легендарний покемон Райко потрапляє в полон.