Рен Амамія, новий студент-перекладач академії Шюджін, відправляється до Токіо до друга своєї родини Соджіро Сакури після того, як його помилково відправили на випробувальний термін за те, що він захистив жінку від сексуального насильства. Дорогою на свій перший день у новій школі Рен помічає, що на його телефоні з'явився дивний додаток, який переносить його у світ, відомий як Метасвіт, що містить «тіні» людей: спотворені зображення їхніх справжніх «я». У Метасвіті він пробуджує свою Персону – силу з глибини душі, яка дає йому сили боротися з тінями. За допомогою таких же проблемних студентів він формує Примарних Викрадачів Сердець, які намагаються врятувати людей від їхніх гріховних бажань, «забираючи їхнє серце», змушуючи лиходіїв пошкодувати про свої вчинки і почати все з чистого аркуша. Репутація гурту продовжує стрімко зростати, приносячи з собою як позитивну, так і негативну славу.

Однак на піку популярності Рен потрапляє в полон і опиняється за ґратами. Тут він прокидається під час жорстокого допиту, але його перериває прихід Сае Ніджіми – прокурора, який шукає відповіді на свої запитання. Як вона відреагує на його розповідь і що станеться з «Примарними злодіями»?