1. «Останній політ «Осіріса»» (англ. Final Flight of the Osiris)
Команда дослідницького корабля «Осіріс» виявляє армію вторгнення. Поки один із членів команди проникає в Матрицю з метою доставки попередження, інші відчайдушно намагаються дати їй достатньо часу, борючись із натиском роботів-стражів.

2-3. «Друге відродження» (англ. The Second Renaissance)
Люди намагаються створити ідеальний ШІ (штучний інтелект), який не поступався б людині. Але у взаєминах людей і машин виникають розбіжності, зрештою від протестів роботів і створення ними своєї держави конфлікт скочується до війни. Люди застосовують кліматичну зброю, щоб, закривши небо хмарами, позбавити роботів основного джерела живлення. Але роботи знаходять інше джерело живлення – людей. Зрештою люди програють цю війну, стаючи «живими батарейками», що потрапили в пастку Матриці.

4. «Дитяча історія» (англ. Kid's Story)
Один підліток, прокинувшись від надреалістичного сну, розуміє, що все навколо, генерований Матрицею простір, а реальність, те, що він бачив уві сні. За ним починають полювати одягнені в однакові костюми люди. Він намагається втекти, користуючись допомогою Нео.

5. «Програма» (англ. Program)
Дія епізоду відбувається в симуляції головної героїні Сіс, виконаній у середньовічному японському стилі.

6. «Світовий рекорд» (англ. World Record)
Під час найважливішого для спортсмена забігу він перенапружується, отримує травму, але продовжує бігти, докладаючи надлюдських зусиль. Це позначається на його фізичному стані, виникає загроза того, що він прокинеться в реальному світі. Агенти, які вселилися в інших спортсменів, намагаються наздогнати його, але не можуть.

Ден прокидається в капсулі і бачить робота-складальника. Він перетинає фініш у Матриці з неймовірним результатом, але отримана на фініші додаткова травма позбавляє його частини рухових функцій, тож після цього його все-таки залишили в живих Агенти. Однак, перебуваючи в інвалідному візку, Ден вирішує стати вільним і намагається перебороти Матрицю та стати на ноги...

7. «По той бік» (англ. Beyond)
Під час пошуків своєї зниклої кішки дівчина знаходить дивний будинок і компанію дітей, що грають у ньому. У цьому будинку спотворюється гравітація і відбуваються інші дивні речі. Тим часом Матриця помічає «помилку рендерингу» в локації зі старим будинком, і туди висилається загін зачистки...

8. «Детективна історія» (англ. A Detective Story)
Історія починається зі сцени в поїзді. Людина, одягнена в дусі детективних нуар-романів, у м'ятому плащі та без капелюха, прикурює цигарку, спрямовуючи на когось пістолет. Ця людина - Еш, приватний детектив.

Далі йде передісторія, що розповідає про його чергову роботу з пошуку таємничого хакера Трініті. Слідуючи за отриманими підказками, він потрапляє на поїзд, де з'ясовується, що він занадто близько підійшов до таємниць Матриці, а через нього Агенти намагаються захопити Трініті. Еш розуміє, що Трініті - його шанс зрозуміти, що ж все-таки відбувається. Однак за ними вже послані Агенти - люди в чорних окулярах, суворо вдягнені та з однаковими пістолетами. Відбиваючись від них, Еш сам мало не перетворюється на одного з них, і Трініті вирішує, що він «не впорався». Вона стріляє в нього і збирається йти. Але детектив каже їй услід, що хотів би піти з нею. Він звинувачує себе в тому, що не зміг пройти тест. Трініті заперечує, що «тест і вибір - не одне й те саме». Трініті зникає, вистрибуючи з поїзда в розбите вікно, а до вагона вбігають Агенти - люди в чорному, які шукають Трініті та Еша. Останні кадри епізоду повторюють самий його початок. Еш наводить пістолет на агентів і розглядає їх.

9. «Посвячений» (англ. Matriculated)
Дія сюжету відбувається в далекому майбутньому, під час війни між людьми і машинами. Головним персонажем є робот моделі «Раннер», який виявився одним із перших серед машин, підключених до Матриці.