Колись зелені пагорби та блакитні океани Землі перетворилися на безлюдну пустку під невпинним натиском планетарних бомб експансіоністської імперії Гаміласа. У 2199 році людство відступило до глибин підземних міст, рятуючись від радіації.

Однак надія ще не втрачена, адже далека планета Іскандер пропонує Землі останній порятунок: систему Космо Реверс, здатну відновити опромінену поверхню Землі. У відчайдушній спробі отримати цю технологію з Іскандера Сили оборони Землі вкладають останні ресурси в «Ямато» - інноваційний, надсучасний лінкор, оснащений хвильовим двигуном нескінченної енергії.

Екіпаж «Ямато» складається з багатьох людей - від молодих талантів, таких як тактичний офіцер Сусуму Кодай, до досвідчених ветеранів, таких як капітан Дзюдзо Окіта, і всі вони мають різний досвід участі в бойових діях на полі бою. Але, незважаючи на відмінності, всіх їх об'єднує одна мета: завершити небезпечну подорож у 168 000 світлових років до Іскандару і врятувати людство від неминучої загибелі.