Після того, як таємничий космічний корабель врізається в Землю, людство усвідомлює, що воно не самотнє. Побоюючись потенційної загрози з космосу, світ відкидає націоналізм, суперечливі інтереси та культурні відмінності, об'єднуючись під прапором Організації Об'єднаних Націй. Новостворені сили ООН вирішують перепрофілювати інопланетний космічний корабель, назвавши його СВФ-1 Макрос. На жаль, у день свого першого польоту на Землю спускається флот космічних кораблів раси прибульців, відомих як Зентраді, і СВФ-1 Макрос, діючи за власним бажанням, збиває ескадру, що прибуває, розпалюючи міжгалактичну війну.

Намагаючись врятуватися, «Макрос» намагається вийти на орбіту Місяця, але корабель - як і місто, в якому він перебував, - телепортується в далекі простори космосу. У цій халепі опиняються Хікару Ічідзьо, волелюбний пілот-акробат, і Мінмей Лінн, співачка-початківець. Разом з екіпажем «Макроса» вони вирушають в епічну подорож, сповнену горя і драматизму, стикаючись на своєму шляху з жорстокістю війни.