Дія фільму «Макрос Зеро» відбувається за рік до прибуття на Землю Зентраедів і розповідає про останні дні війни між фракціями ООН та анти-ООН. Після того, як його збив новітній винищувач анти-ООН, пілот-ас Шин Кудо опиняється на віддаленому острові Майя, де майже не існує технологій. Поки Шин залишається на острові, щоб залікувати свої рани, спокій острова порушує битва, в якій бере участь новітній винищувач ООН - VF-0.