Через три роки після початку війни Махіто Макі втрачає матір під час трагічної пожежі в лікарні. Невдовзі після цього його батько одружується з Нацуко, молодшою сестрою матері Махіто. Вони забирають Махіто з Токіо, щоб знайти притулок у сільському родинному будинку його покійної матері. Там над Махіто постійно знущається дивна сіра чапля, яка, здається, зацікавилася ним.

Не в змозі змиритися зі своєю втратою і намагаючись пристосуватися до нового життя в незнайомому місці, хлопець шокований, коли дізнається, що Нацуко вагітна. До того ж, набридлива чапля вміє розмовляти – і стверджує, що мати Махіто досі жива. Заманюючи хлопця до таємничої вежі поблизу резиденції, чапля каже, що Махіто може врятувати її від смерті, але хлопця нелегко переконати.
Однак, коли одного дня Нацуко зникає, Махіто бачить, як вона заходить до вежі, і вирішує зайти туди, щоб врятувати її. Невдовзі він потрапляє в інший світ, де життя і смерть нерозривно пов'язані між собою. Мандруючи цим чужим світом у пошуках Нацуко, Махіто мусить зрозуміти, що означає жити, якщо він хоче безпечно повернутися додому.