Едвард Елрік, молодий геніальний алхімік, багато втратив за своє дванадцятирічне життя: коли він разом з братом Альфонсом намагається воскресити свою померлу матір за допомогою забороненого акту людської трансмутації, Едвард втрачає брата, а також дві кінцівки. Використовуючи свої найвищі алхімічні навички, Едвард прив'язує душу Альфонса до великого обладунку.
Через рік Едвард, тепер уже головний алхімік держави, вирушає з молодшим братом у подорож за філософським каменем. Ходять чутки, що цей легендарний міфічний предмет здатен посилити здібності алхіміка в рази, що дозволяє йому обійти фундаментальний закон алхімії: щоб отримати щось, алхімік повинен пожертвувати чимось рівноцінним. Едвард сподівається задіяти військові ресурси, щоб знайти легендарний камінь і відновити свої та Альфонса тіла до нормального стану. Однак незабаром брати Елрік дізнаються, що легендарний камінь має більше значення, ніж здається на перший погляд, оскільки вони опиняються в епіцентрі набагато похмурішої битви, ніж вони могли собі уявити.