На Селебі, легендарного покемона, відомого своєю здатністю подорожувати в часі, полює невідомий покемон-браконьєр, який прагне його зловити. Юкінарі, молодий тренер покемонів, який любить малювати портрети покемонів, намагається захистити Селебі після того, як той натрапляє на нього; але під час втечі обидва зникають безслідно.

Сорок років потому амбітний тренер покемонів Сатоші сподівається побачити рідкісних покемонів у своїй місцевості. Уайт, водій човна, відвозить Сатоші до свого села. Сатоші супроводжують троє його найближчих друзів: Такеші, колишній керівник спортзалу, який навчається на великого покемона-селекціонера; Касумі, молода дівчина, яка хоче стати вправним тренером водного типу; і Пікачу, напарник і перший товариш Сатоші по покемонах.

Тим часом Юкінарі та Селебі знову з'являються в теперішньому часі Сатоші і стикаються з його групою. Лорд Уішес у масці, найсильніший керівник Team Rocket, хоче захопити Селебі. Використовуючи Темну кулю, різновид Монстр-болу, який розкладає покемонів, що потрапили в нього, і витягує з них максимум енергії, Вішес може перетворювати невинних покемонів на потужні та страхітливі перешкоди – включно з самим Селебі! Опинившись у скрутному становищі, Сатоші, Юкінарі та їхні друзі повинні працювати разом, щоб перемогти Уішеса і врятувати Селебі та себе.