Використовуючи скам'янілість легендарного покемона М'ю, команда «Ракета» створила першого успішного клона покемона. Названий М'юту, штучний покемон швидко засмучується через обставини свого створення і починає лютувати. Незабаром до нього підходить Сакакі, лідер команди «Ракета», і маніпулює ним, змушуючи вчиняти злі вчинки.

Відштовхнутий хитрощами людства та жорстокістю, якої він зазнав, М'юту ізолюється від усіх і плете змови проти людей, намагаючись віднайти своє справжнє призначення в житті. Маскуючись під найсильнішого у світі тренера покемонів, М'юту залучає найпотужніших тренерів регіону, які бажають битися з новим, таємничим супротивником. Коли на кону доля світу, відомі тренери Сатоші, Такеші та Касумі повинні битися проти М'юту і перемогти його, перш ніж він призведе до загибелі людства.