Продовжуючи мандрівку регіоном Йохто, Сатоші та його друзі відвідують Альтомаре – острівне місто, де щороку відбуваються перегони покемонів на воді. Поки Такеші та Касумі розважаються, з Сатоші відбуваються дивні речі: він якось програє водні перегони, бачить, як кілька жінок нападають на дівчинку з покемонами, і, хоча вони її рятують, дівчинка згодом заперечує, що колись бачила Сатоші та Пікачу!

На щастя для Сатоші, його плутанина розвіюється, коли він дізнається, що дівчинка, яку вони з Пікачу врятували раніше, насправді була покемоном на ім'я Латіос, яка любить маскуватися під свого друга-людину, Кейнона. Латіас та інший покемон, Латіос, відомі як покемони Еону, оскільки вони живуть і охороняють Альтомаре разом з містичною блакитною сферою, що називається Роса Душі. Давня легенда про Альтомаре тісно пов'язана з покемонами Еону та Росою Душі і добре відома місцевим жителям, а також попереднім нападникам Латіос – сестрам-злодійкам Заннер і Ліон. Коли злодії намагаються захопити і покемона Еону, і Душевну Росу, Сатоші змушений діяти, щоб зупинити їх і не дати їм накликати лихо на Альтомаре.