2034 рік нашої ери. Минуло 2 роки відтоді, як Мотоко Кусанаґі покинула 9-й відділ. Тоґуса став новим лідером команди, яка значно розширила свій штат. Розширений 9-й відділ стикається з низкою заплутаних інцидентів, і розслідування показує, що за всіма цими подіями стоїть хакер-надприродний чарівник на ім'я Лялькар.

Посеред усього цього Бату, який розслідував справу окремим треком, зустрічає Мотоко. Вона йде геть, сказавши: «Тримайся подалі від Спільноти стабільної державності». Бату залишається з сумнівами в голові. Чи може Мотоко бути Ляльководом?

Серія інтригуючих інцидентів, з якими стикається 9-й відділ, поступово пов'язується між собою майже художньо. Хто такий Лялькар? Що станеться з стосунками Бату та Мотоко? Яка повна правда стоїть за цим ретельно спланованим ідеальним злочином? І яким буде його результат? Таємниці оточують Спільноту стабільної державності...