У 2029 році місто Ніїхама стало технологічно розвиненим мегаполісом. Завдяки значному прогресу в кібернетиці його мешканці можуть замінити свої кінцівки роботизованими частинами. Світ зараз більш взаємопов'язаний, ніж будь-коли раніше, і 9-й відділ громадської безпеки міста відповідає за боротьбу з корупцією, тероризмом та іншими небезпечними загрозами, пов'язаними з цим зрушенням у бік глобалізації.

Вольова майор Мотоко Кусанагі з 9-го відділу очолює справу, пов'язану з таємничим хакером, відомим лише як «Лялькар», який залишає за собою слід жертв, позбавлених пам'яті. Як і багато хто в цьому футуристичному світі, тіло «Лялькаря» майже повністю роботизоване, що дає йому неймовірну силу.

Поки Мотоко та її підлеглі йдуть по сліду загадкового злочинця, інші сторони, включно з Секцією 6, починають втручатися, змушуючи її зіткнутися з надзвичайно складною природою цієї справи. Роздумуючи над різними філософськими питаннями, такими як сенс власного життя, Мотоко незабаром розуміє, що той, хто дасть ці відповіді, є не хто інший, як сам Лялькар.