Мотоко Кусанагі та Бато намагаються зупинити терористичну організацію, символ якої - це давньогрецьке чудовисько Сцилла. Паралельно з цим Тогуса розслідує справу про вбивство людини, яка носила протез, виготовлений корпорацією «Нога Русалки». Чи є зв'язок між цими подіями - залишається таємницею.