Звільнена від обов'язків в Організації 501, Мотоко Кусанагі мусить навчитися виконувати накази Арамакі. Хтось взламує штучий інтелект Логікоми, і Бато звертається по допомогу до колишнього офіцера армійської розвідки Ішікави та колишнього експерта з повітряної артилерії Борми. Кусанагі також намагається завербувати снайпера-аса Сайто та поліцейського під прикриттям Паза до нового 9-го відділу громадської безпеки. Обидві групи конкурують між собою у справі, пов'язаній з людиною, яка отримала фальшиві спогади про операцію з перевезення біженців.