У недалекому майбутньому людство просунулося до стану, коли можлива повна трансплантація тіла від плоті до машини. Це дозволить значно підвищити як фізичну, так і кібернетичну досконалість і розмити межі між двома світами. Однак злочинці також можуть повною мірою використовувати такі технології, що призводить до нових, іноді дуже небезпечних злочинів. У відповідь на такі інноваційні методи уряд Японії створив 9-й відділ, незалежний поліцейський підрозділ, який займається розслідуванням таких вкрай чутливих злочинів.

Очолюваний Дайсуке Арамакі та Мотоко Кусанаґі, 9-й відділ займається такими злочинами по всьому соціальному спектру, зазвичай успішно. Однак, зіткнувшись з новим хакером рівня А на прізвисько «Людина, що сміється», команда втягується в небезпечну гру в кішки-мишки, йдучи по сліду хакера, який залишає свій слід в Японії.