2089 рік нашої ери – 80 років минуло відтоді, як Перша космічна війна змінила життя як людей, так і Зентраедів. Обидві раси живуть у мирі на Землі, коли в Сонячній системі з'являється нова інопланетна раса під назвою «Мардуки». Під час висвітлення першої битви між «Спейсі» та флотом Мардуків, репортер-новачок SNN Хібікі Кандзакі знаходить Іштар, «Емулятор», який посилює бойові здібності Мардуків за допомогою співу. Хібікі привозить Іштар на Землю, щоб навчити її цінностям життя і культури. Разом із пілотом Валькірії Сільві Геною Хібікі та Іштар мають знайти спосіб врятувати Землю від тотального знищення від рук ватажка мардуків Інґеса.