Війна за Святий Грааль - жорстока битва між магами, в якій сім майстрів та їхні покликані слуги борються за Святий Грааль, магічний артефакт, що може виконати будь-яке бажання переможця. Майже 10 років тому фінальна битва Четвертої війни за Святий Грааль спричинила хаос у місті Фуюкі і забрала понад 500 життів, залишивши місто спустошеним.

Шіро Емія, який пережив цю трагедію, прагне стати героєм правосуддя, як його рятівник і прийомний батько Кіріцугу Емія. Незважаючи на те, що він лише учень, Шіро потрапляє у П'яту війну за Священний Грааль, коли випадково бачить битву між слугами в школі і викликає свого слугу, Сейбера.

Коли таємнича тінь розпочинає серію вбивств у місті Фуюкі, Шіро приєднується до Рін Тусака, іншого учасника Війни за Священний Грааль, щоб зупинити загибель незліченної кількості людей. Однак почуття Шіро до своєї близької подруги Сакури Мато занурюють його в темні таємниці, що оточують війну і ворогуючі сім'ї, які в ній беруть участь.