Після того, як таємниче пекло вбиває його сім'ю, Шіро рятує і всиновлює Кіріцуґу Емія, який навчає його магії та справедливості.

Однієї ночі, через багато років після смерті Кіріцуґу, Шіро прибирає в школі, коли опиняється в епіцентрі смертельної сутички між двома надлюдьми, відомими як Слуги. Під час спроби втечі хлопчик потрапляє в полон до одного зі Слуг і отримує небезпечну для життя травму. Дивом він виживає, але той самий Слуга повертається, щоб закінчити розпочате. У відчаї Шіро викликає свого власного Слугу, лицаря на ім'я Сейбер. Тепер вони мають взяти участь у П'ятій війні за Святий Грааль - королівській битві семи Слуг і магів, які їх викликали, з головним призом - всемогутнім Святим Граалем, який є нічим іншим, як самим Святим Граалем.