П'ята війна за Святий Грааль триває, і хаос, що настає, призводить до того, що ставки для всіх учасників стають дедалі вищими. Шіро Емія продовжує брати участь у війні, прагнучи стати героєм справедливості, який рятує всіх. Він вирушає на пошуки правди про таємничу темну тінь та її вбивства, сповнений рішучості перемогти її.

Тим часом Шінджі Мато втілює в життя свої плани, погрожуючи Шіро через свою сестру Сакуру Мато. Шіро та Рін Тусака борються з Шінджі, сподіваючись звільнити Сакур від знущань її брата. Але потворна правда про братів і сестер Мато починає випливати на поверхню, і багато темних таємниць викриваються.