П'ята війна за Святий Грааль у місті Фуюкі досягла переломного моменту, коли життя всіх учасників опинилися під загрозою, оскільки прихований ворог нарешті виявив себе. Коли Шіро Емія, Рін Тусака та Ілліасвіль фон Айнцберн відкривають справжню, згубну природу тіні, що лютує по всьому місту, вони усвідомлюють, наскільки жахливою є ситуація. Щоб захистити своїх коханих, вони повинні протистояти нездоланній, здавалося б, ворожій силі - навіть якщо деякі з цих ворогів колись були їхніми союзниками, або, можливо, чимось більш інтимним.

Коли починається фінальний акт цієї хаотичної війни, ідеали, в які вірить Шіро, незабаром будуть поставлені під сумнів болісною дилемою: чи дійсно можливо врятувати світ, де, здається, все пішло шкереберть?