Через п'ятнадцять років після катастрофічної події, відомої як «Друге Зіткнення», світ стикається з новою загрозою: жахливі небесні істоти, яких називають Ангелами, один за одним вторгаються в Токіо-3. Людство не в змозі захистити себе від Ангелів, незважаючи на використання найсучаснішої зброї та військової тактики. Єдина надія на порятунок людства - в руках NERV, таємничої організації, яку очолює холоднокровний Ґенду Ікарі. NERV використовує гігантських людиноподібних роботів, яких називають «Євангеліонами», для боротьби з Ангелами за допомогою найсучаснішої зброї та захисних бар'єрів, відомих як Поля Абсолютного Терору.

Через роки після того, як його покинув батько, Шінджі Ікарі, 14-річний син Ґендо, повертається до Токіо-3. Шіндзі веде постійну внутрішню боротьбу з глибоко захованою травмою, спричиненою втратою матері та емоційною занедбаністю, якої він зазнав з боку батька. Страшенно боячись відкритися іншій людині, Шінджі назавжди змінює своє життя після зустрічі з 29-річною Місато Кацураґі, високопоставленою офіцеркою NERV, яка виявляє до нього материнську доброту, якої він ніколи не відчував.

Нищівна атака янголів змушує Шінджі діяти, а Ґендо розкриває справжній мотив запрошення сина до Токіо-3: Шінджі - єдина дитина, здатна ефективно пілотувати «Євангеліон-01», нового робота, який синхронізується з його біометричними даними. Незважаючи на жорстоку психологічну травму, спричинену пілотуванням «Євангеліона», Шінджі захищає Токіо-3 від ангельської загрози, забуваючи про батьківські настанови.