Євангеліон нового покоління: Кінець Євангеліона

Шінджі Ікарі перебуває в емоційній комі після смерті близького друга. Через те, що його син розумово не здатен пілотувати гуманоїдного робота «Євангеліон-01», NERV Ґендо Ікарі змагається з тіньовою організацією SEELE, щоб побачити, хто першим втілить їхній остаточний план у життя. SEELE прагне створити богоподібну істоту, зливши власні душі в Євангеліоні, тоді як Ґендо бажає перетворити все людство на одну первісну істоту, щоб возз'єднатися з Юї, своєю покійною дружиною.

SEELE спрямовує свої військові сили на смертельне вторгнення в штаб-квартиру NERV. Поки сили SEELE знищують науковців та персонал служби безпеки NERV, Асука Ленглі Сурю пілотує «Євангеліон-02» у відчайдушному останньому бою проти найважчого озброєння SEELE.

Битва триває, а пригнічений Шінджі ховається глибоко в штаб-квартирі NERV. Коли доля світу лежить у руках Шінджі, капітан Місато Кацурагі полює на підлітка, поки суспільство руйнується навколо них.