Місце дії – місто Аянаґі, розташоване на березі Японського моря. Це футуристичне місто, збудоване для відновлення після катастрофи, спричиненої «Синдромом апатії» десять років тому. Старшокласник Шін Канзато та його молодший брат Джун через десять років знову зустрічаються зі своїм старшим братом Рю, який очолює поліцію міста Аянаґі. У той час у місті трапляється низка дивних інцидентів: екіпаж підводного човна, який раптово зникає, перебуваючи у підводному човні, або бездушний симптом, який тривожить світ через десять років, або випадок із вивернутим навиворіт трупом, у якому учень набув жорстокого вигляду. Рю вистежує організацію, що стоїть за низкою інцидентів, і, втягнувшись у них, Шін пробуджує в собі «Персону».