У недалекому майбутньому раптовий і незрозумілий підйом рівня моря залишив більшу частину людської цивілізації під водою. Ікаруга Нацукі, хлопець, який кілька років тому втратив матір і ногу внаслідок нещасного випадку, повертається розчарованим із суворого життя у великому місті і знаходить свій старий сільський будинок, наполовину поглинутий морем. Залишившись без сім'ї, він має лише корабель і підводний човен, які залишила йому у спадок бабуся-океанолог, та її борги.

Його єдина надія відновити втрачені мрії про майбутнє - скористатися можливістю, яку йому пропонує підозріла колекторка Катрін. Вони вирушають на пошуки затонулих руїн лабораторії його бабусі, щоб знайти скарб, який, за чутками, вона там залишила. Але те, що вони знаходять, - не багатство чи коштовності, а дивну дівчину, яка спить у труні на дні моря. Атрі.

Атрі - робот, але її зовнішній вигляд і багатство емоцій змусять будь-кого подумати, що вона жива, дихаюча людина. На знак подяки за порятунок вона робить заяву Нацукі: "Я хочу виконати останній наказ мого господаря. А поки я цього не зроблю, я буду твоєю ногою!"