Наповнена студентами Академія-Сіті знаходиться на передовій наукового прогресу і є домом для програми розвитку есперів. Сім есперів «5-го рівня» є наймогутнішими в Академії-Сіті, і третім серед них є середня школярка Мікото Місака, електрична маніпуляторка, відома як «Рейкопушка».

Коли по всьому місту починають відбуватися дивні інциденти, вона виявляє, що кожен злочин пов'язаний з невловимим «Level Upper», легендарним пристроєм, який нібито підвищує рівень есперів свого користувача. Коли ситуація загострюється, стає очевидним, що «Level Upper» має більше значення, ніж здається на перший погляд, і що Академія-Сіті може виявитися набагато більш заплутаним місцем, ніж гламурна утопія, якою воно здається.