Мікото Місака та її друзі повернулися, щоб розслідувати чутки, які ходять по Академії-Сіті. Незабаром Мікото виявляє дещо жахливе: по всьому місту відбуваються жахливі експерименти, в ході яких вбивають тисячі есперів. До того ж, ці еспери – далеко не звичайні люди: вони є клонами самої Мікото. Відчуваючи відповідальність за їхнє лікування, вона вирушає покласти край експериментам, але сили, що протистоять їй, набагато небезпечніші, ніж вона очікувала, і Мікото стикається з одними з наймогутніших есперів, яких тільки можна собі уявити.