Після року, проведеного в Америці, Курісу Макісе повертається до Акіхабари і возз'єднується з Рінтару Окабе. Однак їхнє возз'єднання переривається, коли Окабе починає відчувати періодичні спалахи інших часових ліній, оскільки починають проявлятися наслідки його подорожей у часі. Ці побічні ефекти зрештою призводять до того, що Окабе раптово зникає зі світу, і лише переляканий Курісу пам'ятає про його існування.

У розпачі Курісу постає перед справді важким вибором, який випробує її обов'язок науковця та вірність друга: прислухатися до поради Окабе і триматися подалі від подорожей у часі, щоб уникнути потенційних наслідків, які це може мати для світових ліній, або проігнорувати її, щоб врятувати людину, яку вона цінує найбільше. Незалежно від її рішення, шлях, який вона обирає, вплине на минуле, теперішнє і майбутнє.