Ексцентричний, самопроголошений божевільний науковець Рінтару Окабе перетворився на оболонку свого колишнього «я». Пригнічений і травмований після невдалої спроби врятувати свого друга Макісе Курісу, він вирішив покинути своє альтер-его божевільного вченого і жити як звичайний студент коледжу. В оточенні друзів, які мало знають про його подорожі в часі, Окабе проводить дні, намагаючись на самоті забути жахи своїх пригод.

Працюючи секретаркою на технологічному форумі в коледжі, Окабе знайомиться з невисоким, енергійним Махо Хіядзьо, який
згодом виявляється перекладачем на презентації форуму, яку проводив професор Алексіс Лескінен. Перед приголомшеним натовпом Алексіс і Махо представляють Амадея - революційний штучний інтелект, здатний зберігати спогади людини і створювати досконалу симуляцію цієї людини з усіма її особливостями та дивацтвами. Зустрівшись після презентації з Махо та Алексіс, Окабе дізнається, що вони були колегами Курісу по університету, і що вони змоделювали її в Amadeus. Найнята Алексісом для дослідження поведінки симуляції, Окабе отримує шанс взаємодіяти з тінню давно втраченого дорогого друга. Небезпечно заплутавшись у минулому, Окабе мусить зіткнутися з суворою реальністю та обережно маневрувати навколо катастрофічних наслідків, які приходять з порушенням природного плину часу.