Звичайне життя старшокласника Аято Каміна перевертається з ніг на голову, коли в Токіо раптово вторгаються футуристичні винищувачі. Серед хаосу він зустрічає жінку на ім'я Харука Шіто, яка стверджує, що представляє урядову організацію «ТЕРРА». Вона розповідає, що він жив у часовій бульбашці під назвою «Токійський Юпітер», яку створили муліанці - гуманоїди з іншого виміру, щоб ізолювати та захопити Токіо. Відтоді «ТЕРРА» намагається прорватися крізь бар'єр, що оточує місто.

Не в змозі переварити одкровення, Аято панікує і тікає. Він зустрічає свою однокласницю Рейку Мішіму, яка приводить його до місця під назвою «Святилище Ксефона», де спить велике яйце. Вона починає співати, і невідома сила прокидається в Аято, з'єднуючи його з істотою на ім'я Раксефон, яка виривається з яйця. Невдовзі Харука знову знаходить його і намагається змусити приєднатися до неї у боротьбі проти муліанців.

Опинившись між прицілами муліанців і ТЕРРА, Аято починає сумніватися у своєму призначенні, орієнтуючись у змінених спогадах і, зрештою, у власній ідентичності в цьому хаотичному новому світі.