Аято Каміна був розлучений з коханою дівчиною, Харукою Мішімою, коли сталася подія, яка, як вважалося, вбила всіх за межами Токіо. Але одного дня через три роки на місто раптово напали загарбники. Саме тоді він зустрічає агента ТЕРРА, Харуку Шіто, яка каже йому, що розповість йому правду про світ. Це початок низки дивних подій, які включають в себе активацію гігантської мехи RahXephon і з'ясування того, що багато людей, включаючи його власну матір, мають блакитну кров, і що він насправді жив у самозамкненому вимірі, де час рухається повільніше, ніж у навколишньому світі.