У космічній ері 0071 космічна колонія Геліополіс зберігає нейтралітет у великій війні, що точиться в галактиці між Координаторами(ZAFT) – людьми, чиї біологічні риси були змінені ще до народження, і Натуралами(OMNI) – незміненими людьми, які залишилися на планеті Земля. Глибока ненависть Натуралів(OMNI) до Координаторів(ZAFT) змусила просунутих істот у космос, шукаючи притулку у створених людиною колоніях.

Кіра Ямато – Координатор і студент університету на Геліополісі, коли його життя занурюється в хаос, оскільки ZAFT, військова організація, що складається з бунтівних Координаторів, нападає на колонію, намагаючись викрасти набір з п'яти найсучасніших військових мобільних костюмів, відомих як Гундами.

Поки ZAFT вдається втекти з чотирма мобільними костюмами, Кіра отримує контроль над останнім гундамом, Страйком. Виживши в битві, Кіра та його друзі з коледжу приєднуються до екіпажу «Архангела», корабля Земного Альянсу, і молоді солдати переживають жахи війни та втрати, що приходять разом з нею.