У космічній ері 0071 року військова сутичка між двома мобільними скафандрами призводить до знищення нейтральної країни. Шін Асука виявляє, що вся його сім'я загинула в результаті насильства, і присягається, що все життя буде мстиво переслідувати природні сили Землі, оскільки вважає, що саме вони відповідальні за смерть його родини. Шін прокладає собі шлях через військові сили ZAFT, врешті-решт отримуючи доступ до кабіни прототипу мобільного костюма «Імпульс».

Афрун Зала, ветеран нещодавньої війни, найнятий на службу до дипломата Кагаллі Юла Атха, виявляється втягнутим у новий конфлікт між Природними та Координаторами: людьми, штучно вдосконаленими ще до народження, яких Природні ненавидять за їхні біологічні переваги.

Коли нова війна піднімає голову і насильство стає неминучим, Атран стає наставником жорстокого Шіна. Атрун повинен направити молодого пілота до милосердя, поки його не поглинула лють і жага помсти.