Після того, як Земля була знищена таємничими інопланетними формами життя, відомими як гауни, вцілілі рештки людської раси втекли в космос на величезному кораблі поколінь "Шідонія". Після тисячолітнього дрейфу в космосі "Шідонія" знову опинилася під загрозою нападу гаунів, вперше за століття.

Знову опинившись перед загрозою вимирання, тимчасову перемогу над гаунами вдалося здобути завдяки гібриду людини та гауни Цумугі Шірауї та асу-пілоту меча Вартових Нагате Таніказе.

10 років потому... Жителі Шідонії насолоджуються коротким перепочинком. Минають мирні дні, під час яких Цумугі починає усвідомлювати свої почуття до Нагате, якого тепер вшановують як героя Шідонії. Однак, як завжди знав капітан Кобаяші, доки існують гауни, мир не може тривати довго.

Рішення прийнято: остання битва, від якої залежить доля останніх вцілілих представників людства. Чи зможе екіпаж захистити тих, кого вони люблять, коли кінець наближається?