Одного разу по дорозі до школи Судзуме Івато натрапляє на Соту Мунаката, юнака, який шукає покинуті території. Старшокласниця скеровує Соту до найближчих руїн, але з чистої цікавості сама вирішує попрямувати туди ж.

Опинившись там, Судзуме знаходить ізольовані двері, за якими лежить омріяний всесвіт - місце, яке вона може бачити і відчувати, але не може увійти. Поруч на землі лежить дивний камінь, але він перетворюється на істоту, схожу на кота, і тікає, коли Судзуме піднімає його. Раптово злякавшись, вона повертається до своєї школи, не усвідомлюючи, що її вчинок - залишити двері відчиненими - матиме наслідки.

Після того, як "наріжний камінь" звільнився, зло з іншого всесвіту тепер може вільно вирватися і сіяти хаос по всій Японії. Маючи намір виправити свою небезпечну помилку, Судзуме приєднується до Соти, чия справжня мета - запобігти розмноженню зла, знайшовши і замкнувши всі відчинені двері до того, як країна буде знищена.