У 2035 році на японському дослідницькому об'єкті стається інцидент, відомий як «Вибух», що призводить до появи «Матерії», яка швидко розширюється, поглинає та самовідтворюється. Прокладаючи собі шлях крізь залишки дамб і військових об'єктів в ущелині Куробе, ворожа «Матерія» потрапляє в облогу спецпідрозділів, які намагаються перешкодити їй досягти океану, і найманців, які шукають правду про її існування.

Айко Тачібана живе під постійним медичним наглядом після того, як її врятували від Матерії. Вона проводить дні в очікуванні одужання за виготовленням паперових літачків. Незабаром її повсякденне життя в школі порушує приїзд переведеної учениці Юї Кандзакі, яка починає вказувати на низку невідповідностей у її тілі. Чому вона ніколи не отримує травм і чому їй раптом більше не потрібен інвалідний візок? Він стверджує, що в її існуванні є щось більше, ніж вона звикла вважати, і що вона одна володіє ключем до припинення «Вибуху».

Оскільки Айко цікавить багато угруповань, вона та Юя повинні зібрати союзників і вирушити в небезпечне паломництво в саме серце зараженої ущелини, перш ніж мережа затягне їх у свої тенета. Щоб врятуватися від змови, спрямованої проти них, пара повинна зіткнутися з Матерією - ворогом, який тече, як вода.