Легенда розповідає, що коли Земля була зруйнована, великий годинникар Y зробив їй заміну з гвинтиків і шестерень. Наото Міура - молодий хлопець, який прагне стати великим годинникарем. Однак, незважаючи на свій унікальний талант - чутливий слух, який може одразу зрозуміти механіку годинникового механізму лише за шумом, - він не досягнув значних успіхів. Але все змінюється, коли з неба до його квартири падає труна, в якій лежить Рюдзу, жінка-автомат, викувана самим Y.

Звістка про появу Рюдзу приносить у життя Наото Марі Белл Бреге, обдаровану спадкоємицю видатної лінії годинникарів, та її кіборга-тілоохоронця Вейнні Галтера. Коли вона та Наото опиняються втягнутими в насичену битву за своє життя, вони відкривають для себе неприємну правду: планета з годинниковим механізмом, на якій людство жило понад тисячоліття, починає руйнуватися - таємниця, заради захисту якої багато людей готові вбити.