Дія гри «Залізничні війни!» відбувається в альтернативному всесвіті, де японський уряд зберігає контроль над залізничними системами країни. Завдяки стабільності, яку забезпечує керівництво уряду, залізнична система процвітає.

Наото Такаяма прагне стати працівником Японської національної залізниці через комфортне життя, яке вона йому забезпечить. Для цього він вступає на навчальну програму, де студенти повинні продемонструвати свої знання про потяги, а також здатність бути готовими до будь-яких викликів, що можуть виникнути.

За цей час він зустрінеться з іншими студентами, такими як атлетично обдарована Аой Сакура, постійно голодний Шо Іваїдзумі та людська енциклопедія Харука Комі. Разом вони намагатимуться вижити під час стажування, борючись з викрадачами гаманців, погрозами вибухівки та примарою екстремістського угруповання «RJ», яке хоче приватизувати залізничну систему.