Шінічі Кудо, старшокласник, який має неабиякий детективний талант, добре відомий тим, що розкрив кілька складних справ. Одного разу, помітивши двох підозрілих чоловіків і вирішивши простежити за ними, Шінічі ненароком стає свідком тривожної незаконної діяльності. На жаль, його спіймали на гарячому, тож чоловіки вколюють йому дозу експериментального наркотику, розробленого їхньою злочинною організацією, і залишають його помирати. Однак, на власний подив, Шінічі доживає до наступного дня, але тепер у тілі семирічної дитини.
Досконало зберігши свій первісний інтелект, він приховує свою справжню особистість від усіх, включно з подругою дитинства Ран Моурі та її батьком, приватним детективом Коґору Моурі. З цією метою він бере собі псевдонім Конан Едоґава, натхненний творами письменників-містифікаторів Артура Конан Дойля та Ранпо Едоґави.
Детектив Конан слідує за Сінічі, який, як Конан, починає таємно розкривати справи старшого Моурі з-за лаштунків, використовуючи свої все ще виняткові навички детектива, а також таємно розслідує організацію, відповідальну за його нинішній стан, сподіваючись колись відмінити дію наркотику.